La rémunération des fonctionnaires est composée du traitement  et d’un régime indemnitaire.

Le traitement comprend le traitement de base, auquel s’ajoutent l'indemnité de résidence, le supplément familial de traitement et les prestations familiales obligatoires.

Le régime indemnitaire correspond à toutes les autres primes qui peuvent être versées aux fonctionnaires.

Le principe applicable en matière de rémunération des fonctionnaires est celui du service fait : un fonctionnaire ne perçoit son traitement que lorsqu’il a accompli son service. Il s’agit d’une règle de comptabilité publique.

Bien évidemment, lorsque c’est l’administration qui empêche son agent de travailler, elle ne peut valablement lui opposer cette règle pour lui refuser son traitement.

C’est le cas lorsque le fonctionnaire est suspendu à titre conservatoire dans le cadre de la mise en œuvre d’une enquête ou procédure disciplinaire (une retenue de la moitié du traitement de base est cependant possible lorsque la suspension est maintenue au-delà de 4 mois, dans l’hypothèse où une l’agent serait poursuivi pénalement).

De même, les fonctionnaires continuent à percevoir leur traitement lorsqu’ils sont en congé annuel ou maladie rémunéré.

Le même droit à maintien du traitement existe pour les représentants syndicaux bénéficiant d’autorisations d’absences et de décharges de service.

En revanche, l’absence de service fait peut être valablement opposée en cas :

-        D’incarcération de l’agent, sauf lorsque l’employeur décide de maintenir sa suspension conservatoire ;

-        De grève, sauf lorsque l’agent exerce légitimement son droit de retrait lorsque sa sécurité est mise en danger par les conditions d’exercice de ses fonctions ;

Le sort du régime indemnitaire ne se calque pas sur celui du traitement en cas d’absence de l’agent.

Ainsi, sauf dans l’hypothèse des congés annuels, la plupart des primes font l’objet de retenue lorsque l’agent n’effectue pas son service, alors même qu’ainsi qu’il l’a été exposé, le traitement peut être maintenu.

Par exemple, pendant une suspension conservatoire, si le traitement de l’agent lui est conservé, celui-ci ne peut prétendre à bénéficier de son régime indemnitaire.

Il est en effet considéré que la plupart des primes sont intimement liées à l’exercice effectif des fonctions.

Il existe toutefois certaines exceptions, soit prévues par la loi (par exemple la Nouvelle Bonification Indiciaire, qui est conservée dès que l’est le traitement), soit consacrées par la jurisprudence, au regard du caractère forfaitaire des primes concernées.

Il s'agit des éléments indemnitaires qui peuvent être assimilés au traitement lui-même lorsqu'elles ont un caractère forfaitaire et général lié au grade (TA Dijon, 26 mars 1996, Royer : AJFP nov.-déc. 1996, p. 37).

Sont concernées aussi, les indemnités considérées indivisibles des sujétions découlant tant du statut que de la qualification professionnelle. À ce titre, l'indemnité de sujétions spéciales des médecins reçoit un caractère forfaitaire (CE, 26 mai 1995, n° 125327, min. Aff. sociales c/ Meyer : JurisData n° 1995-046048).

Mais le Conseil d'État est particulièrement strict en la matière, et considère depuis 2003, qu’un bon nombre de primes qualifiées auparavant de forfaitaires, doivent être considérées comme des primes liées à l'effectivité du service.

C’est le cas notamment de l’indemnité de sujétions spéciales (CE, 10 janv. 2003, n° 221334, min. int. c/ Laureau : JurisData n° 2003-064870).

De fait, les primes à caractère strictement forfaitaire, maintenues avec le traitement lorsque l'agent n'est pas présent, deviennent quasiment rarissimes.

Le Conseil d’Etat a récemment confirmé que les primes de fin d’année versées aux agents d'une commune, constituent des primes liées à l'exercice effectif des fonctions, qui peuvent être versées en tenant compte du temps de travail effectif des agents concernés, c'est-à-dire notamment en excluant les périodes de congés de maladie (CE, 30 déc. 2013, n° 363480, F. H. et a. c/ Cne Roye : JurisData n° 2013-034547).

Il s’agit là d’une manière de lutter contre l’absentéisme dans la fonction publique.

Cependant, les collectivités locales disposent d'une marge d'appréciation ouverte par l'article 2 du décret n° 91-875 du 6 septembre 1991, au titre des conditions d'attribution qui doivent être définies par l'organe délibérant, puisque la question du paiement des primes liées à l’exercice effectif du service en cas d'absence, relève directement des conditions d'attribution mises en place dans le dispositif indemnitaire de la collectivité.

L’assemblée délibérante d’une collectivité peut donc prévoir de façon générale un régime de modulation des indemnités en fonctions des différents motifs d'éloignement du service, plus favorable que la règle de la retenue pure et simple de la prime en cas d’absentéisme.

Il est intéressant de noter que l'annulation par le juge administratif de l'éviction d'un agent public, implique nécessairement la réintégration et la reconstitution de carrière de l'agent, mais que cette annulation n'implique pas le versement des traitements en l'absence de service fait (CE, 7 avr. 1933, Deberles : Rec. CE 1933, p. 439 ; RDP 1933, p. 624, concl. Parodi ; GAJA, Dalloz, 2009, 17e éd., n° 45. – CAA Marseille, 27 nov. 2001, n° 98MA01703, Calvete).

En cas d'annulation d'une mesure d'éviction, le fonctionnaire ne peut prétendre au versement des rémunérations qu'il aurait perçues s'il était resté en fonction. Néanmoins, en cas d’annulation pour vice de fond, il a droit à une indemnité égale aux les rémunérations nettes qu'il aurait perçues, y compris au titre des congés payés, s'il n'avait été exclu illégalement du service, à l'exclusion :

-        des primes et indemnités liées à l'exercice effectif des fonctions ;

-        des revenus d'activité ou de remplacement qu'il a pu percevoir pendant la durée de son éviction. 

Il ne s’agit donc pas du versement des rémunérations dont l’agent a été privé, mais d’une indemnité égale aux traitements que l’agent aurait touché s’il n’avait pas été évincé, qu’il convient de demander expressément à la juridiction administrative.

L’évolution jurisprudentielle tend de plus en plus à permettre aux agents illégalement évincés de bénéficier d’indemnité dont le montant est calculé, outre au regard du traitement, mais également au regard du régime indemnitaire de l’agent.

Par exemple, la cour administrative d'appel de Marseille a pu juger que l'indemnité réparant le préjudice financier d'un agent public illégalement privé de ses fonctions, doit être déterminée en prenant notamment en compte, outre le traitement qui aurait dû lui être versé, d'une part, les primes ou indemnités inhérentes aux fonctions que l'agent aurait exercées en l'absence de la mesure illégale, d'autre part, les primes ou indemnités rétribuant la qualité ou la quantité de son travail, dont il établit qu'il avait une chance sérieuse de les percevoir. En revanche cette évaluation ne peut inclure les indemnités visant à compenser des frais qui n'ont pas été exposés (CAA Marseille, 20 mars 2012, n° 09MA02957, Moyer : AJDA 2012, p. 1531, concl. A. Vincent-Dominguez).